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“行动迟缓”还是“反应迅速”？
在世卫组织全力以赴应对日益蔓延的甲型H1N1流感疫情时，墨西哥国家流行病中心主任勒扎纳却指责世卫组织在本次疫情爆发之初反应迟缓，表示中心4月16日就已经通知世卫组织设在华盛顿的分支机构泛美卫生组织，告知一场新的传染疾病可能正在形成之中，而泛美卫生组织过了48小时才向世卫组织总部汇报。世界卫生组织直到4月24日才采取了行动。
一瞬间，很多媒体在报道中指责世界卫生组织对此次甲型H1N1流感疫情的反应延迟了8天之久。
然而，5月2日，世卫组织全球预警与反应部门负责人迈克尔·瑞安在全球新闻发布会上用世卫组织的“工作时间表”说明世卫组织的反应到底是迟缓还是迅速。瑞安指出，世卫组织4月10日就注意到一个全球性的健康信息网公布的墨西哥发生“急性呼吸系统综合症”的报道，并补充说所有的病人已康复，4月3日以后没有新的病例，因此，“疫情已经结束”。 4月11日，世卫组织仍然要求泛美卫生组织进行风险评估。次日，泛美卫生组织就向总部递交了详细报告。
泛美卫生组织一位发言人说，4月12日在得到墨西哥方面确认发现异常流感高发病例和肺炎病例后，该组织就立即通知了世卫组织总部，并于次日要求墨西哥允许泛美卫生组织在疾病预警网站上通告其他国家墨西哥发生的疫情，以便让其保持警惕。然而，墨西哥方面始终没有答复批准。
瑞安说，4月16日世卫组织已经注意到有报道说墨西哥的瓦哈卡州爆发了“不明原因的非典型肺炎病例”，并引用传言说发现了导致2003年非典疫情的“病毒”。17日，世卫组织就要求墨西哥进行官方核查。而墨西哥两个半小时后给予的回复是：“没有疾病的（大）爆发，只是一位中年妇女身患严重肺炎的个例。”
瑞安接着说，4月19日，世卫组织通知墨西哥美国加州发现了流感病例。3天后，墨西哥才通知世卫组织“发现与流感有关的重症肺炎病例”，并报告“3月到4月季节性流感病例异常增多，而流感一般年底或年初达到高峰”。23日，墨西哥向世卫组织报告，3月18日到4月18日发现47例“重症肺炎”，其中12人死亡。瑞安表示，当晚，接到美国有关甲型H1N1病毒的确认，一直关注北美流感事态的世卫组织战略卫生行动中心的指挥部已经开始行动起来。4月25日，世卫组织位于加拿大的实验室确定墨西哥的流感病毒同样是甲型H1N1病毒并报告世卫组织总部。22分钟后，世卫组织的战略卫生行动中心就已经全面启动，所有人员进入全天24小时工作状态。
“猪”流感与“旅游警告”
疫情发布后，以色列因宗教原因提出“猪流感”称呼不适当，世界动物卫生组织对此名称也提出了质疑，建议改名“北美流感”，另一些国家则建议叫“墨西哥流感”。30日，世卫组织在网站上发表简短声明，决定采用病毒的生物名称，叫甲型H1N1流感。
5月1日，世卫组织发言人托马斯·亚伯拉罕在回答记者提问时讲述了“改名”经过：“给疾病和病毒命名的确很难。世卫组织总是试图避免任何形式的、对任何人的伤害，避免任何形式的恐慌，并让公众真正明白所指的疾病和病毒。一开始，专家们称其为猪流感，因为从技术上这个新病毒被确定为包含猪流感病毒的毒株。理论上说这种病毒应该是由猪传染给人类。然而，专家们没有发现任何证据证明猪感染了这种新病毒。加之世卫组织非常关注猪被宰杀，人们开始犹豫是不是还吃猪肉的报道，为了避免猪流感所带来的所有这些医疗上的不必要的反应，世卫组织决定暂时将它命名为另一个名字，这在技术上是准确的，即甲型H1N1流感。”
除了称谓外，世卫组织在旅行方面的表态一直引人关注。
在4月29日宣布将流感大流行警告级别提高到5级后，世卫组织仍然重申不建议采取旅行限制和关闭边境的做法，但许多国家已经采取了发布旅行警告、减少航班、隔离来自疫区的航班等措施。对此，很多记者表示了疑问。世卫组织发言人哈特尔在记者招待会上回答记者提问时很干脆地说：“机场检验没有用。在机场等地测量体温等健康检测措施并不能检测出有可能已经受到病毒感染、但仍在潜伏期的旅行者。”不过，哈特尔也强调说，各国居民应该根据各国政府的指示采取防护措施。
世卫组织负责卫生安全和环境事务的助理总干事福田敬二表达了同样看法。他表示，世卫组织认为目前发旅行警告等措施不会起到实质作用。但各国看问题的方式不同，考虑不同因素，会自己得出相应的结论而采取一些措施，如发布旅行警告等。
福田在记者招待会上回答墨西哥记者关于中国等国采取的隔离措施的提问时回答说，在对付传染病方面没有“固定的处方”，因此不同的国家可能会采取不同的防范措施：“我不想就具体国家采取的具体防疫措施进行评论……但我确实想指出，在特定形势下有关方面是可以采取隔离措施的。在应对传染病的时候，隔离是长期的既定原则。”
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