公立医院改革已经成为医疗卫生改革最为焦点和难点的领域。3月5日，温总理在政府工作报告中谈及公立医院改革试点时提到，“逐步取消以药补医机制，推进公立医院补偿机制改革。鼓励各地探索建立医疗服务由利益相关方参与协商的定价机制，建立由有关机构、群众代表和专家参与的质量监管和评价制度。”在谈及政府财政投入时说，“今后三年各级政府拟投入8500亿元，其中中央财政投入3318亿元，以保证医疗卫生体制改革的顺利推进。医疗卫生体制改革事关人民群众的健康权益，我们要加强领导、精心设计、认真组织，积极稳妥地推进，切实解决看病贵、看病难问题，为人民群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务。”
牛正乾（九州通集团副总经理）：医疗服务领域很多时候存在市场失灵和社会失灵，但在医疗保障体系覆盖全民的情况下，通过由利益相关方参与协商的定价机制，医疗服务机构是完全可以通过市场化运作的方式来实现社会公益性（亦即所有人有病能医）的目标。政府需要做的，就是在市场和社会投入都不足的地方，即在基层（社区）、农村和偏远地区，加强投入，以确保民众对于基本医疗卫生服务的可及性。同时，政府的另一个角色对医疗卫生全行业实施一视同仁的监管。
政府投入应该增加固然是一个问题，但更为重要的问题在于投入的流向。如果政府一味地追加财政投入，而不注重改革扭曲的医疗卫生体系，不注重投入机制的改变，不注重政府职能的转型，那么结果很有可能并不好。
追加医疗卫生事业的投入，不应该一味地流向医疗机构，而是应该着重于医疗保障体系的完善。简言之，政府应该为农民提供更多的补贴以吸引他们参加医疗保险（新型合作医疗），应该为贫困人群参加医疗保险埋单（医疗救助体系），应该设法为完全没有医疗保险的未成年人建立新的医保制度，应该帮助那些没有医保的老年人参加医保。总之，政府新增医疗卫生的投入应该用于推动所有人享有医保，简称“补需方”。
值得关注的是，“政府投入兼顾医疗服务供方和需方”的声调与日俱增。但不容忽视的一点是，政府财政投入供方是一贯的做法，而“补需方”则是全新的措施。政府投入兼顾供方和需方的新原则，无疑推进了“补需方”的制度化，为新医改带来了新的气象。但我们必须强调，新增财政投入应该全部用于健全医疗保障体系，在许多人看来，提出“补需方”等于反对“投供方”，“补需方”损害了医疗机构的利益，完全是一种误解，其实对医疗卫生领域的所有的投入，包括公共财政补给需方的钱，无论通过什么渠道，最终还是会流向医疗机构。但是，直接补贴医疗机构和通过医保体系（也就是第三方购买者）流向医疗机构，所产生的效果有天壤之别。唯有强化了第三方购买者的功能，整个医疗服务体系的改革才有更好的基础。
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